شرکت ملی شیمی کشاورز دارای انبارهای مجهز برای ذخیره‌سازی ایمن مواد اولیه، محصولات نهایی، قطعات فنی و پسماندها است که همگی به سیستم‌های اعلام و اطفاء حریق مجهز شده‌اند. انبار مواد اولیه به‌صورت مسقف و دورباز برای نگهداری مواد شیمیایی حجیم، انبار فنی با قفسه‌بندی استاندارد برای تجهیزات و قطعات تولید، و انبار محصولات با کنترل دما و رطوبت برای نگهداری مواد شیمیایی طراحی شده‌اند. همچنین انبار ملزومات برای نگهداری اقلام بسته‌بندی، انبار قرنطینه برای مواد و محصولات نیازمند شرایط ویژه، و انبار امحا برای ذخیره پسماندهای مایع و خشک در نظر گرفته شده است.